Fágann Ninja Boya, ní chríochnóidh a mhisean go dtí go n-imíonn an namhaid deiridh ó aghaidh an domhain. Caithfidh an laoch dul go dtí lair Yokai agus scrios an chailín. Ní raibh an laoch ag fanacht ina n-aonar, cuidiú leis sa chluiche Bowja 3 The Fall Of Yokai. D'fhonn an carachtar gníomhú, cliceáil ar na rudaí atá ar fáil, áit a dtéann an cúrsóir isteach i láimh. Cuirfidh sé seo i bhfeidhm na laochra chun gníomhartha áirithe a dhéanamh, más rud é nach bhfuil siad oiriúnach duit, an straitéis a athrú. Is gá soiléir a dhéanamh ar chonair an ninja, ionas go rith sé go leor gardaí go rathúil. Bain úsáid as gach rud is féidir a ardú, a chur ar an dóiteán, a phléascadh, a thuilte, go bhfuil an namhaid lámhaigh gan úsáid, tá sé inbhuaineach go fortifications.