Goideadh scrollaí luachmhara ón mainistir ina raibh ár laoch ninja ina chónaí agus ag staidéar. Tá rís draíochta clóite ar pháipéar ríse tanaí. Is féidir le duine ar bith a léann iad a bheith ina rialóir ar an Impireacht Celestial. Coinníodh déantáin luachmhara i taisce leis na cianta, ach d’éirigh le duine iad a ghoid agus a iompar ar shiúl. Chuir Sensei an mac léinn ab fhearr sa tóir air, ach gan tusa ní fhéadfadh sé dul i ngleic le Ninja Run. Ní amháin droch-dhaoine a thugann aghaidh ar an bhfear, ach deamhain samurai fíor-olc ón domhan thíos. Ba laochra oilte iad i rith an tsaoil, agus tar éis bháis thosaigh siad ag freastal ar an diabhal agus cuireadh scileanna draíochta lena gcumas. Caithfidh an ninja réaltaí cruach a rith, a léim agus a chaitheamh chun dul i ngleic le naimhde.