In aice le sráidbhaile beag atá suite sa tSeapáin, bhí na mairbh beo le feiceáil. Téann siad timpeall na lonnaíochta san oíche agus creiche ar dhaoine. Fuair an laoch ninja cróga Kyoto ordú ón impire na zombies a scriosadh. Cabhróidh tú sa chluiche Ninja Versus Zombie leis an ninja seo. Sula dtiocfaidh tú ar an scáileán beidh limistéar ina mbeidh do charachtar suite. Leis na heochracha rialaithe a ordóidh tú gníomhartha an ninja. Beidh air rith ar aghaidh trasna an tír-raon agus breathnú thart go cúramach. Chomh maith leis an mbealach seo, beidh sé in ann a bhailiú boinn óir agus míreanna eile scaipthe ar fud an suíomh. Chomh luath agus a bhuaileann tú zombie, ionsaí air. Ag baint úsáide as airm éagsúla ón Arsenal ninja, scriosfaidh tú zombies sa chluiche Ninja Versus Zombie agus gheobhaidh tú pointí dó.